在明清两代，排放污水还依然是沿用元代修建的渗水井，但是又因为使用了数百年，元代所修建的暗沟中淤积了大量的污物，而且暗沟砌在地下，清理十分不便，这使得城市中地面上的污水横流，脏乱不堪。在明成化十年的时候，当时的皇上命令衙门拨看守两名，在遇雨时，即令看守打捞疏通，每年二月份的时候，大小沟渠、水塘、河槽都会有地方兵马进行疏通，自此，每一年的春分刚过，就会有兵丁和雇佣的掏夫刨土掀沟盖，清理淤泥，疏通暗沟，但每每打开沟盖时都会秽气冲腾，臭不可闻，经常会有人被熏倒，甚至是中毒。这些是因为以当时的条件水沟的沟盖没有办法经常通风，也没有那么多人力来清理渗水井，又经过数百年的发展，方井模具问世，制作和清理渗水井才变得不会那么费时费力费人工。